Mikromacierz chromosomalny kontra kariotypowanie w diagnostyce prenatalnej AD 3
Próbkowanie kosmówki i kosmków wykonano w zwykły sposób. U kobiet poddanych amniopunkcji pobrano dodatkowe 10 ml płynu owodniowego. Wszystkie próbki zostały przesłane do jednego laboratorium cytogenetycznego (Integrated Genetics) do analizy kariotypu. Laboratorium ustaliło kultury wymagane do analizy cytogenetycznej, z której uzyskano wyniki kariotypu i przekazano je lekarzowi prowadzącemu zgodnie ze standardową praktyką kliniczną. Próbka od 7 do 10 ml płynu owodniowego lub co najmniej 2 mg tkanki kosmówki kosmicznej została zdiagnozowana i wysłana razem z próbkami krwi obwodowej od każdego z rodziców do jednego z czterech laboratoriów (w Baylor College of Medicine, Columbia University, Emory University lub Signature Genomic Laboratories), gdzie przeprowadzono analizę mikromacierzy.
Wyniki badań
Dla celów analizy pierwotnej każdy wynik z mikromacierzy został oceniony jako prawdziwy pozytywny, prawdziwy negatywny, fałszywie dodatni lub fałszywie ujemny w stosunku do ustalenia kariotypu. Karyotypowanie było uważane za standard, w odniesieniu do którego mierzono wydajność mikromacierzy chromosomalnych w identyfikacji powszechnych aneuploidii autosomalnych i chromosomów płciowych. Zgodnie z protokołem, uczestnicy, dla których określono mozaikowość za pomocą kariotypowania, zostali wyłączeni z analizy pierwotnej. Drugorzędne wyniki obejmowały całkowite wystąpienie i klasyfikację wariantów liczby kopii zidentyfikowanych przy użyciu mikromacierzy chromosomalnej w obecności prawidłowego kariotypu, sukces (lub niepowodzenie) analizy mikromacierzy oraz zdolność mikromacierzy chromosomalnej do identyfikowania niespotykanych nieprawidłowości cytogenetycznych na kariotypowanie (np. chromosomy markerowe, rearanżacje lub poliploidia).
Procedury laboratoryjne mikromacierzy
Ekstrakcję DNA przeprowadzono zgodnie z lokalnymi protokołami. Przetestowaliśmy oczyszczony DNA pod kątem zanieczyszczenia matczynym DNA (przy użyciu zestawu Identifiler, Applied Biosystems) i wykluczyliśmy próbki o ponad 10% zanieczyszczeniu.
Testy mikromacierzy przeprowadzono zgodnie z protokołem producenta i szkoleniami dostarczonymi przez przemysłowych dawców zestawów mikromacierzy i odczynników (Agilent Technologies and Affymetrix). Badanie rozpoczęto w 2007 r., A wybór platformy i projektu mikromacierzy odzwierciedla stan technologii dostępnej w tym czasie; wybór nie został zaktualizowany w trakcie badania. Wykorzystano dwie platformy tablicowe. Jednym z nich była agilentowa 4-pleksowa matryca zaprojektowana przez badaczy. Każda tablica na 4plex składała się z 44 000 sond oligonukleotydowych pokrywających docelowe rejony o znanym powiązaniu z chorobą (każdy objęty minimum 9 sondami), 43 perycentrometryczne i 41 subtelomeryczne regiony, i genomowy łańcuch główny z rozstawem około sondy na 75 kb. (Pokrycie jest wymienione w tabeli S2 w dodatkowym dodatku, dostępnym pod adresem.) Drugą platformą był gen SNJ firmy Affymetrix Human SNP 6.0, zawierający 1,8 miliona sond oligonukleotydowych (około 906,600 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu [SNP] i około 946 000 unikalnych sekwencji sondy) na pojedynczym slajdzie
[hasła pokrewne: plastyka ud, poradnia chorób zakaźnych, plastyka ud legnica ]
[hasła pokrewne: rodnik hydroksylowy, nfz łódź sanatoria lista oczekujących, mięsak kościopochodny ]
Tags: mięsak kościopochodny, nfz łódź sanatoria lista oczekujących, rodnik hydroksylowy